Wir schreiben das Jahr 2199. Die menschliche Rasse wurde in einem Krieg gegen die Gamilos nahezu vernichtet und musste in unterirdische Städte fliehen. Forscher berechnen das sie nur noch ein Jahr übrig haben. Aber dann erhalten der junge Offizier Susumu Kodai und Daisuke Shima eine mysteriöse Nachricht aus einem Raumschiff, das vom Mars zur Erde zurück geflogen kam.
Sie beinhaltet die letzten Hoffnung der Menschheit! Der Planet Iscandar auf der anderen Seite der Galaxie besitzt eine Technologie, welche die Gamilos besiegen und den Planeten wiederherstellen kann.

Das Raum- und Kampfschiff Yamato wird mit der heroischen Aufgabe betraut das Manöver zu wagen, aber sie haben nur noch ein Jahr …